# P Value ## p value * Big names in statistics want to shake up much-maligned P value * Redefine Statistical Significance Part I: Sleep Trolls & Red Herrings * Redefine Statistical Significance Part II: Caught in a Bad Romance? * Redefine Statistical Significance Part III: Informed Priors and Oracle Priors * The “80% power” lie * "Şuna bir p değeri attırıversen" diyeni duymuştum da bunu ilk kez duyuyorum: ![](/files/9l94bqp1Ich4qVgIjI10) **p < 0.05 sizin için ne anlam ifade ediyor?** ``` Güncelleme 1: “P-hacking” nedir? Bilimsel literatürde yarattığı sorunlar nelerdir? https://lnkd.in/eEKbjSj Güncelleme 2: Bilimsel çalışmaların kalitelerinin, kanıt düzeylerinin arttırılması ve bilimsel çalışmalardaki “tekrarlanabilirlik” sorununun çözülmesi için yapılması gerekenlerin sıralandığı güzel bir çalışma. https://lnkd.in/eHJydDB Güncelleme 3: İstatistiksel anlamlılığın p<0.05 yerine p<0.005 olması gerektiğini belirten bir çalışma 2017 yılında yayınlandı. https://lnkd.in/eC7MNDw Aynı yıl bunun “bilimdeki tekrarlanabilirlik” problemine çare olmak yerine hali hazırdaki durumu daha kötüye götüreceğine ilişkin bir çalışma yayınlandı. https://lnkd.in/eJk6RbJ Güncelleme 4: 2015 yılında Basic and Applied Social Psychology dergisi yayınlarında p değeri kullanan makaleleri yayınlamama kararı aldı. https://lnkd.in/ew4eNRG Görüldüğü gibi p değerinin kullanımı ve kullanım şekli bilimsel literatürde hala sıcak bir tartışma konusu. Bu nedenle, (her konuda olduğu gibi) güncel bilimsel literatür dikkatle takip edilmeli. Bilimde herşeye şüpheyle yaklaşılması gerektiği gibi bu konuya da şüpheyle yaklaşılmalı ve istatistikte her zaman yapılması gerektiği gibi p değeri de dikkatli kullanılmalı ve yorumlanmalıdır. ``` ![](/files/0pAyuaJvA2qLipw5OhM7) * Raise the bar rather than retire significance * How sure are you of your result? Put a number on it Any scientist publishing a claim should quantify their confidence in it with a probability, argues Steven N. Goodman. * \---Big names in statistics want to shake up much-maligned P value Redefine Statistical Significance Part I: Sleep Trolls & Red Herrings Redefine Statistical Significance Part II: Caught in a Bad Romance? Redefine Statistical Significance Part III: Informed Priors and Oracle Priors The “80% power” lie * "Şuna bir p değeri attırıversen" diyeni duymuştum da bunu ilk kez duyuyorum: ![](/files/9l94bqp1Ich4qVgIjI10) **p < 0.05 sizin için ne anlam ifade ediyor?** ``` Güncelleme 1: “P-hacking” nedir? Bilimsel literatürde yarattığı sorunlar nelerdir? https://lnkd.in/eEKbjSj Güncelleme 2: Bilimsel çalışmaların kalitelerinin, kanıt düzeylerinin arttırılması ve bilimsel çalışmalardaki “tekrarlanabilirlik” sorununun çözülmesi için yapılması gerekenlerin sıralandığı güzel bir çalışma. https://lnkd.in/eHJydDB Güncelleme 3: İstatistiksel anlamlılığın p<0.05 yerine p<0.005 olması gerektiğini belirten bir çalışma 2017 yılında yayınlandı. https://lnkd.in/eC7MNDw Aynı yıl bunun “bilimdeki tekrarlanabilirlik” problemine çare olmak yerine hali hazırdaki durumu daha kötüye götüreceğine ilişkin bir çalışma yayınlandı. https://lnkd.in/eJk6RbJ Güncelleme 4: 2015 yılında Basic and Applied Social Psychology dergisi yayınlarında p değeri kullanan makaleleri yayınlamama kararı aldı. https://lnkd.in/ew4eNRG Görüldüğü gibi p değerinin kullanımı ve kullanım şekli bilimsel literatürde hala sıcak bir tartışma konusu. Bu nedenle, (her konuda olduğu gibi) güncel bilimsel literatür dikkatle takip edilmeli. Bilimde herşeye şüpheyle yaklaşılması gerektiği gibi bu konuya da şüpheyle yaklaşılmalı ve istatistikte her zaman yapılması gerektiği gibi p değeri de dikkatli kullanılmalı ve yorumlanmalıdır. ``` ![](/files/0pAyuaJvA2qLipw5OhM7) * Big names in statistics want to shake up much-maligned P value * Redefine Statistical Significance Part I: Sleep Trolls & Red Herrings * Redefine Statistical Significance Part II: Caught in a Bad Romance? * Redefine Statistical Significance Part III: Informed Priors and Oracle Priors * The “80% power” lie * "Şuna bir p değeri attırıversen" diyeni duymuştum da bunu ilk kez duyuyorum: ![](/files/9l94bqp1Ich4qVgIjI10) **p < 0.05 sizin için ne anlam ifade ediyor?** ``` Güncelleme 1: “P-hacking” nedir? Bilimsel literatürde yarattığı sorunlar nelerdir? https://lnkd.in/eEKbjSj Güncelleme 2: Bilimsel çalışmaların kalitelerinin, kanıt düzeylerinin arttırılması ve bilimsel çalışmalardaki “tekrarlanabilirlik” sorununun çözülmesi için yapılması gerekenlerin sıralandığı güzel bir çalışma. https://lnkd.in/eHJydDB Güncelleme 3: İstatistiksel anlamlılığın p<0.05 yerine p<0.005 olması gerektiğini belirten bir çalışma 2017 yılında yayınlandı. https://lnkd.in/eC7MNDw Aynı yıl bunun “bilimdeki tekrarlanabilirlik” problemine çare olmak yerine hali hazırdaki durumu daha kötüye götüreceğine ilişkin bir çalışma yayınlandı. https://lnkd.in/eJk6RbJ Güncelleme 4: 2015 yılında Basic and Applied Social Psychology dergisi yayınlarında p değeri kullanan makaleleri yayınlamama kararı aldı. https://lnkd.in/ew4eNRG Görüldüğü gibi p değerinin kullanımı ve kullanım şekli bilimsel literatürde hala sıcak bir tartışma konusu. Bu nedenle, (her konuda olduğu gibi) güncel bilimsel literatür dikkatle takip edilmeli. Bilimde herşeye şüpheyle yaklaşılması gerektiği gibi bu konuya da şüpheyle yaklaşılmalı ve istatistikte her zaman yapılması gerektiği gibi p değeri de dikkatli kullanılmalı ve yorumlanmalıdır. ``` ![](/files/0pAyuaJvA2qLipw5OhM7) * Raise the bar rather than retire significance * How sure are you of your result? Put a number on it Any scientist publishing a claim should quantify their confidence in it with a probability, argues Steven N. Goodman. * \---Big names in statistics want to shake up much-maligned P value Redefine Statistical Significance Part I: Sleep Trolls & Red Herrings Redefine Statistical Significance Part II: Caught in a Bad Romance? Redefine Statistical Significance Part III: Informed Priors and Oracle Priors The “80% power” lie * "Şuna bir p değeri attırıversen" diyeni duymuştum da bunu ilk kez duyuyorum: ![](/files/9l94bqp1Ich4qVgIjI10) **p < 0.05 sizin için ne anlam ifade ediyor?** ``` Güncelleme 1: “P-hacking” nedir? Bilimsel literatürde yarattığı sorunlar nelerdir? https://lnkd.in/eEKbjSj Güncelleme 2: Bilimsel çalışmaların kalitelerinin, kanıt düzeylerinin arttırılması ve bilimsel çalışmalardaki “tekrarlanabilirlik” sorununun çözülmesi için yapılması gerekenlerin sıralandığı güzel bir çalışma. https://lnkd.in/eHJydDB Güncelleme 3: İstatistiksel anlamlılığın p<0.05 yerine p<0.005 olması gerektiğini belirten bir çalışma 2017 yılında yayınlandı. https://lnkd.in/eC7MNDw Aynı yıl bunun “bilimdeki tekrarlanabilirlik” problemine çare olmak yerine hali hazırdaki durumu daha kötüye götüreceğine ilişkin bir çalışma yayınlandı. https://lnkd.in/eJk6RbJ Güncelleme 4: 2015 yılında Basic and Applied Social Psychology dergisi yayınlarında p değeri kullanan makaleleri yayınlamama kararı aldı. https://lnkd.in/ew4eNRG Görüldüğü gibi p değerinin kullanımı ve kullanım şekli bilimsel literatürde hala sıcak bir tartışma konusu. Bu nedenle, (her konuda olduğu gibi) güncel bilimsel literatür dikkatle takip edilmeli. Bilimde herşeye şüpheyle yaklaşılması gerektiği gibi bu konuya da şüpheyle yaklaşılmalı ve istatistikte her zaman yapılması gerektiği gibi p değeri de dikkatli kullanılmalı ve yorumlanmalıdır. ``` ![](/files/0pAyuaJvA2qLipw5OhM7) ## P Value * Big names in statistics want to shake up much-maligned P value * Redefine Statistical Significance Part I: Sleep Trolls & Red Herrings * Redefine Statistical Significance Part II: Caught in a Bad Romance? * Redefine Statistical Significance Part III: Informed Priors and Oracle Priors * The “80% power” lie * "Şuna bir p değeri attırıversen" diyeni duymuştum da bunu ilk kez duyuyorum: ![](/files/9l94bqp1Ich4qVgIjI10) **p < 0.05 sizin için ne anlam ifade ediyor?** ``` Güncelleme 1: “P-hacking” nedir? Bilimsel literatürde yarattığı sorunlar nelerdir? https://lnkd.in/eEKbjSj Güncelleme 2: Bilimsel çalışmaların kalitelerinin, kanıt düzeylerinin arttırılması ve bilimsel çalışmalardaki “tekrarlanabilirlik” sorununun çözülmesi için yapılması gerekenlerin sıralandığı güzel bir çalışma. https://lnkd.in/eHJydDB Güncelleme 3: İstatistiksel anlamlılığın p<0.05 yerine p<0.005 olması gerektiğini belirten bir çalışma 2017 yılında yayınlandı. https://lnkd.in/eC7MNDw Aynı yıl bunun “bilimdeki tekrarlanabilirlik” problemine çare olmak yerine hali hazırdaki durumu daha kötüye götüreceğine ilişkin bir çalışma yayınlandı. https://lnkd.in/eJk6RbJ Güncelleme 4: 2015 yılında Basic and Applied Social Psychology dergisi yayınlarında p değeri kullanan makaleleri yayınlamama kararı aldı. https://lnkd.in/ew4eNRG Görüldüğü gibi p değerinin kullanımı ve kullanım şekli bilimsel literatürde hala sıcak bir tartışma konusu. Bu nedenle, (her konuda olduğu gibi) güncel bilimsel literatür dikkatle takip edilmeli. Bilimde herşeye şüpheyle yaklaşılması gerektiği gibi bu konuya da şüpheyle yaklaşılmalı ve istatistikte her zaman yapılması gerektiği gibi p değeri de dikkatli kullanılmalı ve yorumlanmalıdır. ``` ![](/files/0pAyuaJvA2qLipw5OhM7) * Raise the bar rather than retire significance * How sure are you of your result? Put a number on it Any scientist publishing a claim should quantify their confidence in it with a probability, argues Steven N. Goodman. #### [Adjust P-values for Multiple Comparisons](https://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/p.adjust.html) {% embed url="" %} ## q value #### [Bioconductor’s qvalue package](https://www.bioconductor.org/packages/3.3/bioc/vignettes/qvalue/inst/doc/qvalue.pdf) {% embed url="" %} #### [StoreyLab/qvalue](https://github.com/StoreyLab/qvalue) {% embed url="" %} #### --- # Agent Instructions: Querying This Documentation If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question. Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter: ``` GET https://www.parapathology.com/statistics-and-bioinformatics/p-value.md?ask= ``` The question should be specific, self-contained, and written in natural language. The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation. Use this mechanism when the answer is not explicitly present in the current page, you need clarification or additional context, or you want to retrieve related documentation sections.