Controversial software is proving surprisingly accurate at spotting errors in psychology papers
We need a similar program for #pathology articles. Though most pathology articles do not report #statistics in APA style. #statcheck
Stat-checking software stirs up psychology
Coursera: Reproducible Templates for Analysis and Dissemination
Reproducibility Articles
by Thomas Herndon, Michael Ash, Robert Pollin.
An example of an article given the highest designation for a fully reproducible article:
published in 2009 by Duncan Lee, Claire Ferguson, and Richard Mitchell. To see the article's marking, download the PDF and look for the marking letter in a bold box at the top right.
by Geir Kjetil Sandve, Anton Nekrutenko, James Taylor, Eivind Hovig.
Document Conversion
A universal document converter
Other Resources
There is an R package called “rrrpkg,” which was created to “facilitate reproducible research.” Their focus is on creating a Research Compendium. Here are some illustrations of
they use that may be helpful to you.
Reproducible Research
A push for reproducibility in biomedical research
Statcheck
Controversial software is proving surprisingly accurate at spotting errors in psychology papers
We need a similar program for #pathology articles. Though most pathology articles do not report #statistics in APA style. #statcheck
Stat-checking software stirs up psychology
Coursera: Reproducible Templates for Analysis and Dissemination
Reproducibility Articles
by Thomas Herndon, Michael Ash, Robert Pollin.
An example of an article given the highest designation for a fully reproducible article:
published in 2009 by Duncan Lee, Claire Ferguson, and Richard Mitchell. To see the article's marking, download the PDF and look for the marking letter in a bold box at the top right.
by Geir Kjetil Sandve, Anton Nekrutenko, James Taylor, Eivind Hovig.
Document Conversion
A universal document converter
Other Resources
There is an R package called “rrrpkg,” which was created to “facilitate reproducible research.” Their focus is on creating a Research Compendium. Here are some illustrations of
they use that may be helpful to you.
Reproducibility
Reproducible Research
A push for reproducibility in biomedical research
Statcheck
Controversial software is proving surprisingly accurate at spotting errors in psychology papers
We need a similar program for #pathology articles. Though most pathology articles do not report #statistics in APA style. #statcheck
Stat-checking software stirs up psychology
Coursera: Reproducible Templates for Analysis and Dissemination
Reproducibility Articles
by Thomas Herndon, Michael Ash, Robert Pollin.
An example of an article given the highest designation for a fully reproducible article:
published in 2009 by Duncan Lee, Claire Ferguson, and Richard Mitchell. To see the article's marking, download the PDF and look for the marking letter in a bold box at the top right.
by Geir Kjetil Sandve, Anton Nekrutenko, James Taylor, Eivind Hovig.
Document Conversion
A universal document converter
Other Resources
There is an R package called “rrrpkg,” which was created to “facilitate reproducible research.” Their focus is on creating a Research Compendium. Here are some illustrations of
they use that may be helpful to you.
Şöyle birşey düşünün, Pankreas patolojisi ile ilgileniyorsunuz. "Bizim pankreas serisi ne durumda" diye merak ettiniz. Yaptığınız şey birkaç düğmeye basmak, ve o zamana kadar bölümünüzde rapor edilen pankreas vakalarının yaş, cinsiyet, tümör çapı, tümör tipi, evre, derece, lenf nodu durumu vesair bilgileri sağ kalım grafikleri ile word dökümanı olarak oluşturuluveriyor. Bu hayal değil. Yapılabilir. Makul bir bilgi işlem çalışanı, CAP ve AJCC'ye uygun doldurulması zorunlu yapılandırılmış patoloji raporları, ana veri tablosuna erişim, biraz SQL, biraz R, biraz da R Markdown kullanarak bunu yapmak işten bile değil.
out <- capture.output(summary(my_very_time_consuming_regression))
cat("My title", out, file="summary_of_my_very_time_consuming_regression.txt", sep="n", append=TRUE)
Şöyle birşey düşünün, Pankreas patolojisi ile ilgileniyorsunuz. "Bizim pankreas serisi ne durumda" diye merak ettiniz. Yaptığınız şey birkaç düğmeye basmak, ve o zamana kadar bölümünüzde rapor edilen pankreas vakalarının yaş, cinsiyet, tümör çapı, tümör tipi, evre, derece, lenf nodu durumu vesair bilgileri sağ kalım grafikleri ile word dökümanı olarak oluşturuluveriyor. Bu hayal değil. Yapılabilir. Makul bir bilgi işlem çalışanı, CAP ve AJCC'ye uygun doldurulması zorunlu yapılandırılmış patoloji raporları, ana veri tablosuna erişim, biraz SQL, biraz R, biraz da R Markdown kullanarak bunu yapmak işten bile değil.
out <- capture.output(summary(my_very_time_consuming_regression))
cat("My title", out, file="summary_of_my_very_time_consuming_regression.txt", sep="n", append=TRUE)
Reproducible Reports
Şöyle birşey düşünün, Pankreas patolojisi ile ilgileniyorsunuz. "Bizim pankreas serisi ne durumda" diye merak ettiniz. Yaptığınız şey birkaç düğmeye basmak, ve o zamana kadar bölümünüzde rapor edilen pankreas vakalarının yaş, cinsiyet, tümör çapı, tümör tipi, evre, derece, lenf nodu durumu vesair bilgileri sağ kalım grafikleri ile word dökümanı olarak oluşturuluveriyor. Bu hayal değil. Yapılabilir. Makul bir bilgi işlem çalışanı, CAP ve AJCC'ye uygun doldurulması zorunlu yapılandırılmış patoloji raporları, ana veri tablosuna erişim, biraz SQL, biraz R, biraz da R Markdown kullanarak bunu yapmak işten bile değil.
